Η έρευνα του Τάκη Κόντου βασίζεται κυρίως στην υλοποίηση υβριδικών κβαντικών κυκλωμάτων, με στόχο την αποκάλυψη νέων καταστάσεων της ύλης ή την εκμετάλλευση των κβαντομηχανικών ιδιοτήτων των κυκλωμάτων. Κατά τη διάρκεια της διατριβής του στο Orsay, στη Γαλλία, μελέτησε την αλληλεπίδραση της υπεραγωγιμότητας και του σιδηρομαγνητισμού σε πολυστρωματικούς υπεραγωγούς και σε σιδηρομαγνητικά κράματα, μαζί με τους Marco Aprili και Jérôme Lesueur. Μετακινήθηκε ως μεταδιδακτορικός ερευνητής στο Πανεπιστήμιο του Basel στην Ελβετία, στην ομάδα του καθηγητή Christian Schönenberger, όπου μελέτησε τη μεταφορά σπιν σε νανοσωλήνες άνθρακα. Από το 2005, είναι μόνιμος ερευνητής του CNRS στο LPENS, Ecole Normale Supérieure, από το 2013, ως διευθυντής έρευνας. Σε συνεργασία με την Audrey Cottet για τις θεωρητικές πτυχές, η έρευνά του έχει επικεντρωθεί στην υλοποίηση μιας αρχιτεκτονικής κβαντικής ηλεκτροδυναμικής κυκλώματος με νανοσωλήνες άνθρακα, για την οποία του απονεμήθηκε ERC CoG το 2013 (έργο «CirQys»). Θα μπορούσε να ρίξει νέο φως σε θεμελιώδεις πτυχές της συμπυκνωμένης ύλης, όπως το φαινόμενο Kondo. Θα μπορούσε επίσης να αναπτύξει μια συνθετική διεπαφή σπιν-φωτονίων για μεμονωμένα σπιν παγιδευμένα σε νανοσωλήνες άνθρακα. Η έρευνα αυτή θα μπορούσε να διαφωτίσει θεμελιώδεις πτυχές της συμπυκνωμένης ύλης, όπως το φαινόμενο Kondo, ή να να αναπτύξει μια συνθετική διεπαφή σπιν-φωτονίου για μεμονωμένα σπιν παγιδευμένα σε νανοσωλήνες άνθρακα. Η τελευταία εργασία αποτελεί τη βάση της τεχνολογίας που χρησιμοποιεί η «κβαντική» νεοφυής επιχείρηση C12 Quantum electronics, την οποία συνίδρυσε το 2020. Πιο πρόσφατα, επικεντρώνεται στη χρήση τεχνικών κβαντικής ανίχνευσης με κυκλώματα για την ανίχνευση υποθετικών μορφ΄ών σκοτεινής ύλης, όπως τα αξιόνια, ή για τη μέτρηση ραδιοαστρονομικών σημάτων, όπως η γραμμή υδρογόνου των 21 cm. Για το έργο της κβαντικής ανίχνευσης της σκοτεινής ύλης, του έχει απονεμηθεί ERC SyG το 2023 (έργο «Dark Quantum»). Έγινε Συνεργαζόμενος Ερευνητής του Ινστιτούτου Αστροφυσικής το 2025.
